在水利工程中，填方和挖方的计算通常是分开进行的。清基土方工作通常涉及到挖除建筑物或构筑物基础范围内的土壤和其他障碍物，这部分工作量会被计算为挖方。

如果清基过程中产生的多余土方被用于回填或者在工程其他部位作为填方使用，那么这部分土方量应当计入填方计算中。但是，如果清基土方没有被用作填方，或者工程中的填方使用的是其他来源的土方，那么清基土方就不应计入填方计算。

因此，是否将清基土方计入填方计算，取决于实际施工过程中清基土方的实际利用情况。在结算时，施工方如果要求将清基土方的回填费用计入，那么需要提供相应的证据或者工作记录，证明这些土方确实被用于了填方，并且按照合同或规定进行了合理的计量和计价。