当两独立样本均数的比较结果显示P值小于0.001，并且我们拒绝了零假设（Ho），我们可以推论：

存在显著差异：这表示两个样本群体的均数之间存在显著差异，而且这种差异不太可能是由于随机因素造成的。换句话说，我们有足够的证据否定这两个样本群体的均数相等的假设。

需要注意的是，这个推论是基于统计学意义的，而不是实际意义。也就是说，虽然我们发现了统计学上的显著差异，但这个差异是否在实际应用中具有重要意义，还需要考虑实际问题的背景、样本大小、效应量等因素。此外，结果的解释应结合研究领域的专业知识和研究目的进行。