企业资金合同双方约定将付款给第三方是否合法，主要取决于以下几个因素：

合同约定：如果合同中明确约定了付款给第三方，并且这是双方真实的意思表示，经过了双方的协商一致，那么这种约定在法律上通常是有效的。

法律目的：如果这种付款安排不是为了实现非法目的，例如偷税逃税、洗钱、欺诈等，那么它是合法的。

主体行为能力：合同的各方必须具备完全的民事行为能力，即能够理解并承担自己的法律行为所带来的后果。

债务转移：如果涉及到债务的转移，根据《民法典》的规定，债务人将合同义务全部或部分转移给第三人，应当经债权人同意。新债务人可以主张原债务人对债权人的抗辩，并应当承担与主债务有关的从债务。

综上，企业资金合同双方外转发给第三方在满足上述条件的情况下是合法的。但是，具体的合法性还需要结合合同的具体内容、相关法律法规以及司法实践来判断。在进行此类操作时，建议咨询法律专业人士以确保符合所有适用的法律要求。