在开出转账支票向某公司支付购进乙种材料款80万元，增值税税率为13%的情况下，你需要考虑以下几点：

计算增值税金额：

根据增值税税率13%，需要计算出应支付的增值税金额。

增值税金额 = 购买材料款 × 增值税税率

增值税金额 = 80万元 × 13% = 10.4万元

填写转账支票：

在转账支票上，需要填写以下信息：

收款人：某公司的全称

金额：购进乙种材料款和增值税的总金额

用途：注明“支付购进乙种材料款及增值税”

附上相关凭证：

通常情况下，支付货款时需要附上采购合同、发票或者其他相关的交易凭证，以证明这笔付款的合法性。

处理账务：

在公司的财务记录中，需要做以下账务处理：

借：原材料（或库存商品，取决于你的会计政策） 80万元 借：应交税费-应交增值税（进项税额） 10.4万元 贷：银行存款 90.4万元

以上是一个基本的处理流程，具体的处理方式可能会根据公司的内部财务政策和当地的税收法规有所不同。在进行此类操作时，建议咨询专业的会计师或财务顾问，以确保符合所有的法规要求和会计准则。