生产、销售假冒他人注册商标的烟草制品的，由工商行政管理部门进行以下处罚：

责令停止侵权行为；

赔偿被侵权人的损失；

可以并处罚款；

构成犯罪的，依法追究刑事责任。

这些处罚依据的是《商标法》、《商标法实施细则》以及《烟草专卖法》等相关法律法规的规定。工商行政管理部门在查处此类违法行为时，会根据具体情况依法采取相应的行政措施，并可能与公安部门等其他执法机构协同工作。如果违法行为情节严重，达到刑事立案标准，还将移交司法机关处理。