在申请EMark认证过程中，可能会遇到以下一些麻烦的问题：

认识和理解法规要求：EMark认证是基于欧盟的车辆法规，这些法规复杂且不断更新。理解和满足所有适用的法规要求可能是最困难的部分，特别是对于不熟悉这些法规的制造商来说。

技术文件准备：申请EMark认证需要提交详细的技术文件，包括产品设计、制造过程、测试报告等。准备这些文件可能既耗时又复杂，需要专业的知识和技术支持。

测试和认证过程：产品需要通过一系列严格的测试以证明其符合EMark的要求。这个过程可能需要投入大量的时间和资源，而且如果产品未能一次性通过测试，可能需要进行修改和重新测试。

语言障碍：由于EMark认证是欧洲的认证体系，相关的法规和文档通常是以英语或认证颁发国的官方语言编写。对于非英语国家的制造商来说，语言障碍可能增加理解法规和沟通的难度。

认证费用和时间：EMark认证过程可能涉及到较高的费用，包括测试费用、认证机构的服务费等。此外，整个认证过程可能需要几个月的时间，这可能会对产品的上市计划和商业策略产生影响。

后续的合规性维护：获得EMark认证后，制造商还需要确保产品的持续合规性，包括跟踪法规变化、进行定期的审核和测试等。这需要持续的努力和资源投入。

每个制造商在申请EMark认证时可能会遇到的具体问题会因其产品特性和具体情况而异，因此最好在开始认证过程之前咨询专业的认证机构或顾问，以了解具体的要求和可能的挑战。