在处理建筑工程的合同与索赔问题时，确保项目合法权益的步骤可能包括以下几点：

详细合同制定：首先，确保合同内容详尽、明确，涵盖所有可能的风险和责任分配，包括工程范围、质量标准、工期、付款条件、变更条款、违约责任、争议解决机制等。

合规性检查：确保合同符合相关法律法规和行业标准，避免因违法或违规导致合同无效或者权益受损。

严格的合同管理：设立专门的合同管理部门或者人员，负责合同的执行监控，确保各方按照合同约定履行义务。

证据收集与保存：在项目执行过程中，及时、准确地记录和收集所有相关的文件、通信、会议记录、照片、视频等证据，以备日后可能出现的索赔或纠纷。

及时的索赔管理：一旦发现可能影响项目权益的问题或者事件，应立即启动索赔程序，包括书面通知对方、提供详细的索赔报告、计算损失金额、提交相关证据等。

专业咨询与法律援助：在处理复杂的合同和索赔问题时，可以寻求专业的法律顾问或者建筑业专家的帮助，确保采取的策略和行动合法、有效。

协商与调解：尽可能通过友好协商和调解的方式解决争议，以降低诉讼风险和成本，同时维护与各方的良好关系。

法律途径保护：如果协商无果，必要时可以采取法律手段保护项目的合法权益，包括提起诉讼、申请仲裁或者执行判决等。

总的来说，确保建筑工程合同与索赔问题中项目的合法权益，需要综合运用合同管理、证据收集、索赔策略、法律咨询和争议解决等多种手段，同时保持警惕性和主动性，及时发现和处理潜在的风险和问题。