如果摩托车购置税已经缴纳了两年，但是发票遗失或者不在了，退税的过程可能会比较复杂，因为通常需要提供原始发票作为退税的依据。以下是一些可能的步骤和建议：

查找替代证明：

尽管原始发票丢失，但你可以尝试寻找其他能够证明你已经缴纳购置税的文件或记录。这可能包括银行转账记录、支付凭证、税务机关的缴费记录等。

联系经销商：

如果你是从经销商处购买的摩托车，可以联系他们看是否能提供一份销售记录或者其他能证明你购车并缴纳购置税的文件。

向税务机关报告：

向当地的税务机关报告你的发票丢失情况，并说明你需要退税的原因。他们可能会要求你填写一份关于丢失发票的报告或者声明。

提交申请：

根据税务机关的指导，提交退税申请。这通常需要填写一份退税申请表，并附上你能找到的所有相关证据。

等待审批：

税务机关会对你的申请进行审核。在这个过程中，他们可能会要求你提供更多的信息或者证据，或者进行一些调查。

补办手续：

如果税务机关接受你的退税申请，你可能需要按照他们的指示完成一些补办手续，比如办理发票遗失声明、提供身份证明等。

需要注意的是，每个地区的税务规定和流程可能会有所不同，因此最好直接联系你所在地的税务机关获取准确的信息和指导。同时，由于你的情况较为特殊，退税可能需要较长的时间和较多的手续，所以要有一定的耐心和准备。