如果原定的两个项目金额被错误地合并为一个项目进行招标，并且招标工作已经结束，这种情况可能会带来一些法律和操作上的问题。以下是一些可能的解决步骤：

评估影响：

首先，需要评估这个错误对整个招标过程和结果的影响有多大。是否影响了投标人的决策？中标结果是否因此而改变？

咨询法律顾问：

由于这涉及到合同法和招投标法规，应立即咨询法律顾问或专业的招投标顾问，了解法律层面的应对措施。

内部审查：

对招标文件、公告、评标过程以及所有相关的通信记录进行详细的审查，以确定错误发生的具体环节和责任方。

通知投标人：

如果发现错误并且可能影响到中标结果，应及时通知所有投标人，解释情况并征求他们的意见。

重新招标：

在某些情况下，可能需要取消现有的招标结果，并根据正确的项目金额分别进行新的招标。

这个过程中需要确保遵守所有相关的法律法规，并尽量减少对各方的不利影响。

与中标人协商：

如果错误并未显著影响中标结果，可以尝试与中标人协商，看是否可以在保持现有合同的基础上，通过补充协议或者调整项目范围来解决问题。

上报主管部门：

根据当地的规定，可能需要将这个问题上报给主管的招投标管理部门或者行业监管部门，获取他们的指导和批准。

风险管理：

考虑到可能的法律风险和声誉损失，需要制定相应的危机管理和公关策略。

每个案例的具体情况都会有所不同，因此在处理此类问题时，一定要遵循法律法规，并在专业人士的指导下进行操作。同时，要从中吸取教训，改进内部的招投标流程和质量控制机制，防止类似错误的再次发生。